Cơ cấu tổ chức:

a) Lãnh đạo Viện gồm:

- Viện trưởng và các Phó Viện trưởng. Số lượng Phó Viện trưởng được thực hiện theo quy định của pháp luật và Viện Hàn lâm. Viện trưởng, Phó Viện trưởng do Chủ tịch Viện Hàn lâm bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định của pháp luật và Viện Hàn lâm.
- Viện trưởng chịu trách nhiệm trước Chủ tịch Viện Hàn lâm và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện Khoa học xã hội vùng Nam Bộ.
- Các Phó Viện trưởng chịu trách nhiệm trước Viện trưởng, Chủ tịch Viện Hàn lâm và trước pháp luật về nhiệm vụ được giao.

b) Tổ chức cấp phòng và Tạp chí:

- Văn phòng;
- Trung tâm nghiên cứu Chính trị và Chính sách;
- Trung tâm nghiên cứu Dân tộc và Tôn giáo;
- Trung tâm nghiên cứu Kinh tế và Phát triển;
- Trung tâm nghiên cứu Lịch sử và Khảo cổ;
- Trung tâm nghiên cứu Văn hóa và Hội nhập;
- Trung tâm Xã hội học và Môi trường;
- Tạp chí Khoa học xã hội vùng Nam Bộ.